الأولى: تأخر إحالة مبارك:

كانت سببا في تبرئة مبارك من قتل المتظاهرين لعدم جواز نظر الدعوى الجنائية لمبارك باتهامه بالتحريض على قتل المتظاهرين، وذلك لسابقة صدور أمر ضمني من النيابة العامة بأنه لا وجه لإقامة الدعوى الجنائية ضده، لأن النيابة بعد أن تولت التحقيق في الجناية رقم 1227 لسنة 2011 قصر النيل أصدرت أمرا في مارس 2011 بإحالة المتهمين العادلي، ومساعديه واستبعدت مبارك من قرار الإحالة بالرغم من وجود اتهامات ضده، وأعقب ذلك في مايو 2011 إصدار النيابة أمر إحالة آخر تضمن مبارك وحده، بنفس التهم محل قرار الإحالة الأول دون تعديل أو تبديل.

ولم يتطرق الأمر الثاني إلى وقائع جديدة بالميادين العامة في نطاق الجرائم التي شملها الأمر الأول، بل اشتمل على نفس قائمة أدلة الثبوت وشهود الإثبات.

الثانية: عدم مراعاة النطاق الزمنى:

تضمن أمر الإحالة الثاني أربعة قتلى جدد ومصابا سقطوا في 3 فبراير 2011 أي خارج النطاق الزمنى لأمرى الإحالة المحدد بين 25 و31 يناير 2011.

الثالثة: غياب أدلة الإدانة:

كشفتها المحكمة في براءة العادلي ومساعديه، حيث جاء الاتهام على مجرد الافتراض استلهاما من تداعيات الأحداث وما نجم عن ذلك من قتل أشخاص وإصابة آخرين.

الرابعة: سقوط دعوى استغلال النفوذ:

في قضية تقديم حسين سالم 5 فيلات بشرم الشيخ لمبارك ونجليه وقبولهم ذلك لمضى 10 سنوات من تاريخ وقوع الجريمة، حيث لم تقدم النيابة أي أدلة تؤيد اتهامها، ولم تعثر اللجنة المنتدبة على أي وثائق بمقر شركة حسين سالم، بل إن الواقع أكد أن مبارك ونجليه أسندا العمل لشركة المقاولون العرب طبقا للقانون.

الخامسة: تقرير يحمل أسباب إهماله:

أكدت المحكمة أنه بمطالعة أقوال الشهود لم يشر أحد إلى أن مبارك قد شارك أو اتفق أو ساعد وزير البترول في إسناد أمر بيع وتصدير الغاز لإسرائيل عبر شركة حسين سالم، كما أن تقرير اللجنة الرباعية التي شكلتها النيابة العامة برئاسة عالية عبدالمنعم المهدى، عميد كلية الاقتصاد والعلوم السياسية الأسبق، قد حمل في طياته معول هدمه، فأثبتت الأقوال أن الأوراق الخاصة بالقضية لم تكن كاملة أو كافية، وأن الرأي الذى انتهت إليه اللجنة بشأن تحديد السعر العادل لبيع الغاز وتقدير حجم الضرر كان سيتغير فيما لو كانت عرضت عليهم المستندات والمعلومات بالكامل.

السادسة: تأخر توقيع الكشف الطبي:

كشفت المحكمة فى استعراضها لأقوال المصابين الذين سقطوا في أحداث الثورة، ومقارنتها بتقارير الطب الشرعي الموقعة عليهم، أن هناك فجوة بين الأقوال وما ثبت في التقارير، وتبين من استعراض التواريخ والأحداث، أن المصابين تحدثوا عن تعرضهم للإصابات في يناير 2011، بينما أجرى فحصهم بعد هذا التاريخ بشهر على الأقل، مما تسبب في استحالة معرفة حقيقة الإصابات.