تعرض الطبري لمحنة شديدة في أواخر حياته بسبب التعصب المذهبي، فلقد وقعت ضغائن ومشاحنات بين ابن جرير الطبري ورأس الحنابلة في بغداد أبي بكر بن داود أفضت إلى اضطهاد الحنابلة لابن جرير، وكان المذهب الحنبلي في هذه الفترة هو المسيطر على العراق عامة وبغداد خاصة، وتعصب العوام على ابن جرير ورموه بالتشيع وغالوا في ذلك. حتى منعوا الناس من الاجتماع به، وخلطوا بينه وبين أحد علماء الشيعة واسمه متشابه مع ابن جرير، وهو «محمد بن جرير بن رستم» وكنيته أيضًا أبو جعفر، ولقد نبه الذهبي على هذا الخلط في تاريخه وفي كتابه سير أعلام النبلاء. ظل ابن جرير محاصرًا في بيته حتى توفي.

 

والطبري الذي أرسى مبادئ المنهج الموضوعي والحولي في نفس الكتاب فكان أول من استخدم المنهجين معا في نفس الكتاب وهو من شهد له معاصريه بالمقدرة العلمية لدى المقتدرفي هذا الحدث :(وقد أراد الخليفة المقتدر أن يكتب كتاب وقف تكون شروطه متفقا عليها بين العلماء فقيل له : لا يقدر على عمل ذلك إلا محمد بن جرير الطبري ، فاستدعاه الخليفة وقربه إليه ، وبعد أن عمل للخليفة ما أراد سأله الخليفة حاجته فأبى الطبري أن يأخذ منه شيئا . وفى هذا دليل على مكانة الطبري الشخصية والعملية فى سنواته الأخيرة ).

أضف إلى ذلك جانب العفة التي منعته من أن يطلب مقابل من الخليفة المقتدر ، مؤرخ بكل هذه الصفات التي تميزه عن غيره ،لماذا يتعرض لتلك المحنة التي جعلته حبيس بيته إلى أن مات ،وحتى بعد موته لم يتمكنوا من دفنه إلا ليلا بسبب الحصار ،  بل إنني أتصور أنه لولا عزلته في الثماني سنوات الأخيرة التي كان خصومه السبب الأساسي فيها ،لاستطعنا أن نعرف أحداثا تاريخية غاية في الأهمية  ،وخاصة أن الطبري كان في أوج نضوجه وتمكنه العلمي فأثروا سلبا على التأريخ لهذه الفترة المهمة وخاصة في حضور وحياة هذا المؤرخ المشهود له بالعلم .

عزلة الطبري لها أسباب أخرى رغم ارتباطها القوي بوجود الخصوم الذين استطاعوا أن يشوهوا صورته وأن يقنعوا العامة إلا القليل منهم بوجهة نظرهم إلا أن هناك سببا آخر لا يمكن تغافله وهو عدم رضاه عما يدور من مؤامرات وفساد في عهد المقتدر،توقعاته التي تنبأ بها ببصيرة المؤرخ الذي أثقلته السنين خبرة وتمرس: الزمان مدبر والدنيا مولية  (ومن الطبيعي ـ والطبري محاصر فى بيته لا يستطيع الخروج منه ـ أن يعجز عن كتابة السنوات الأخيرة من تاريخه .. ومن الطبيعي أيضا وهو يحتاج لحماية الدولة العباسية أن يمسك قلمه عن نقدها مهما بلغ الخلل فيها ، ومهما بلغ تحكم السيدة أم المقتدر ( شغب ) فى أمور الدولة العباسية .. فكما قال الطبري " الزمان مدبر والدنيا مولية .."

..

قلم الدكتور احمد صبحي دائم التعاطف مع من يظلمه عصره ، هذا ما نلاحظه من قراءة هذا المقال البحثي الرائع ، محمد ابن جرير الطبري ظلمه عصره وكفروه كما هو الحال مع الدكتور احمد صبحي منصور وغيره من قادة الفكر في كل زمان ومكان ..وهذا بعض ما كتبه ابن كثير للتأريخ عن الطبري :

(لقد أدت شهرة الطبري إلى حقد الحنابلة السنيين عليه فتعصبوا ضده، وأثاروا عليه جماهير الطلبة،يقول ابن كثير في تاريخه عن الطبري" كانت وفاته وقت المغرب عشية يوم الأحد ليومين بقيا من شوال من سنة عشر وثلاثمائة ، وقد جاوز الثمانين بخمس سنين،ودفن في داره لأن بعض عوام الحنابلة ورعاعهم منعوا دفنه نهاراً، ومن الجهلة من رماه بالإلحاد، وحاشاه من ذلك كله، بل كان أحد أئمة الإسلام علماً وعملاً بكتاب الله وسنته رسوله، وإنما تقلدوا ذلك عن أبي بكر محمد بن داود الظاهري حيث كان يتكلم فيه ويرميه بالعظائم". ) .انتهى كلام ابن كثير .

لذلك لابد لأي مفكر أن يكون مجاهدا يتحمل عصره لأن هذا دوره الذي إختاره لنفسه .