رفض بنديكت السادس عشر، بابا الفاتيكان انتقاد د. أحمد الطيب شيخ الأزهر مطلبه بحماية المسيحيين في مصر واعتباره تدخلا في شؤون مصر الداخلية، بعد حادث تفجير كنيسة "القديسين" بمدينة الإسكندرية المصرية ليلة رأس السنة الميلادية قائلا "لم نتدخل وهناك سوء تفاهم في التواصل".
وقال المتحدث باسم الفاتيكان الأب فديريكو لومباردي إن "بابا الفاتيكان تحدث عن التضامن مع المسيحيين الذين تعرضوا لضربة قاسية، ثم عبر بعدها عن القلق من تداعيات العنف على كل السكان أكانوا مسيحيين أم مسلمين".
 وتابع لومباردي "لذلك لا نرى كيف يمكن أن يعتبر هذا الموقف من البابا الراغب ببث روح اللاعنف أمام الجميع تدخلا.. لم نتدخل.. أعتقد أن هناك سوء تفاهم في التواصل".
 وأضاف: "البابا أشار إلى تعرض كنيسة مسيحية للهجوم وهذا يعني أنه أعرب عن القلق إزاء الأقليات المسيحية التي يضربها العنف، وهذا لا يعني أنه يريد تبريرا أو التقليل من شأن العنف الذي يستهدف مؤمنين من ديانات أخرى".
 وكان بابا الفاتيكان طالب أمام آلاف المسيحيين الذين احتشدوا في ساحة كنيسة "القديس بطرس" بروما للاحتفال برأس السنة الميلادية، بحماية المسيحيين في مصر بعد وقوع تفجير الكنيسة القبطية قائلا: "أناشد بإلحاح المسيحيين في المناطق المضطربة بعدم الاستسلام للإحباط والإذعان".
وتابع بنديكت السادس عشر: "الكلمات لا تكفي لجلب السلام خاصة في الشرق الأوسط"، ودعا إلى "التزام ملموس ودائم" من القادة المحليين قائلا: "الجميع على المستوى المحلي ينبغي أن يعمل من أجل أن يسود السلام في العلاقات اليومية مع الجيران".
وتعليقا على مطلب بابا الفاتيكان بحماية مسيحيي مصر قال شيخ الأزهر: "هذا تدخل غير مقبول في شؤون مصر... من حقنا أن نختلف مع بابا الفاتيكان تماما، فلقد سبق أن طلب ذلك من قبل عندما قتل بعض المسيحيين في العراق بيد الإرهاب هناك، وقال إن المسيحيين مضطهدون في الشرق، وإنه لابد أن تكون هناك حماية أو يهاجروا للغرب، لكنه لم يتحرك لدماء آلاف المسلمين الذين قتلوا في العراق" على أيدى الغزاة الأمريكيين وحلفائهم.
واستطرد: "كنا نتمنى أن يسوي بابا الفاتيكان بين قتلى المسلمين والمسيحيين حتى تكون نظرته للسلام العالمي نظرة متوازنة وليست نظرة جزئية موجهة".
وكان انفجارا قويا وقع أمام كنيسة  "القديسين" بمدينة الإسكندرية الساحلية في ساعة متاخرة من مساء الجمعة 31-12-2010 ومع بدء العام الميلادي الجديد، حيث قتل 22 شخصا وأصيب أكثر من 90 آخرين، بحسب الحصيلة الرسمية، ولم تعلن أي جهة مسئوليتها عن الحادث حتى الآن